A diferencia del Viejo Mundo y de América, el continente australiano ha estado geográficamente aislado durante cientos de millones de años, tras separarse del supercontinente de Gondwana poco después de que evolucionaran los primeros mamíferos (poco, al menos, en términos evolutivos).
Sobre este continente remoto, a lo largo de los cientos de millones de años que siguieron, la vida desarrolló ramas de especies únicas, distintas a las de cualquier otro lugar de la tierra. Los animales que llegaron a dominar el paisaje fueron en su mayoría marsupiales, una subclase de mamíferos que suelen llevar a sus crías dentro de una bolsa. Algunos se han convertido en iconos de Australia, como el canguro, el koala y el uómbat.
A partir de un antepasado marsupial común, sus especies descendientes se ramificaron y transformaron para ocupar los distintos nichos de la cadena alimentaria que dejó libres la gran extinción del Triásico-Jurásico, hace 200 millones de años. Algunas incluso asumieron el papel de depredadores tope, como el tigre de Tasmania y el león marsupial. Pero estos han desaparecido desde entonces en una oleada de extinciones mucho más reciente.
Junto a los marsupiales conviven unas pocas especies restantes de monotremas, un orden de animales que solo sigue existiendo en Australia y Nueva Guinea. Estos singulares mamíferos que ponen huevos, como el equidna y el ornitorrinco, son verdaderamente extraños, y casi parecen un cruce entre varias ramas no emparentadas del árbol evolutivo. Su reproducción reptiliana sirve de recordatorio de una época remota en la que los mamíferos se hallaban en un estado intermedio, antes de que hubieran desarrollado la capacidad de gestar a sus crías dentro del cuerpo. Por su parte, los linajes de reptiles australianos que han sobrevivido hasta hoy guardan semejanza con las criaturas antiguas que existían antes de la separación continental, con pocos cambios en su fisiología desde aquella época prehistórica.
Los aborígenes llegaron en barca hace ya 50.000 años. Por entonces el nivel del mar era mucho más bajo, y Australia se había unido a Nueva Guinea y Timor en una masa de tierra mayor, conocida como Sahul. Al igual que con la llegada de los seres humanos al Nuevo Mundo, algunos investigadores sospechan que la migración hacia Australia provocó un evento de extinción masiva. Sugieren que aquellas especies no pudieron adaptarse con la rapidez suficiente para sobrevivir a las armas, la inteligencia y el uso estratégico del fuego que empleaban estos nuevos depredadores. La megafauna fue la más golpeada. Bestias enormes como el diprotodonte, un pariente del uómbat del tamaño de un hipopótamo, eran presa fácil para los cazadores aborígenes.
Una presión competitiva adicional llegó con los dingos. Como aparecieron en el mismo período, es probable que estos perros fueran introducidos por los seres humanos en barca. Al ocupar el mismo nicho que estos depredadores rivales, el tigre de Tasmania autóctono fue desplazado y desapareció del continente, hasta ser finalmente llevado a la extinción en Tasmania este siglo por cazadores y granjeros, que veían su presencia como una amenaza para el ganado local. Algunos lugareños sospechan que todavía podrían quedar unos pocos tigres de Tasmania escondidos en lo más profundo del interior.
Durante las décadas siguientes, muchas otras especies de marsupiales también sufrieron un fuerte declive, y su área de distribución se redujo con rapidez. Esta tendencia se aceleró a medida que se expandía el desarrollo humano y avanzaban las especies invasoras. Hasta que la protesta pública logró su protección, los koalas fueron cazados casi hasta la extinción por su piel, con hasta un millón de ejemplares matados al año. Hoy solo quedan unos 100.000.
Las presiones ambientales continúan hoy, agravadas por la creciente presión de los incendios forestales y la sequía debidas al calentamiento del clima. Pero muchas poblaciones de especies se han estabilizado, en buena medida gracias a un movimiento ambientalista que empezó a abogar por su protección. Se ha reservado un conjunto de parques nacionales y áreas silvestres protegidas como hábitat nativo. Los australianos asumen hoy ampliamente su fauna local como parte de la identidad nacional, y el gobierno intenta equilibrar las preocupaciones ambientales con las económicas.