Costa Rica se encuentra en el centro de un puente terrestre entre América del Norte y América del Sur, pero durante millones de años estuvo sumergida, con los continentes separados por el océano. Especies únicas evolucionaron aisladas e independientes en cada hemisferio. Por la actividad volcánica, el levantamiento tectónico y el crecimiento glacial en los polos, Centroamérica emergió de los océanos, y los animales cruzaron el puente terrestre en ambas direcciones, en un episodio conocido como el Gran Intercambio Biótico Americano. Muchas especies desaparecieron al principio de este período, incapaces de competir con los recién llegados frente a los cuales no habían desarrollado defensas. Pero al final esa afluencia de vida desde dos continentes dejó a Costa Rica con una biodiversidad amplísima. A esa gran variedad de especies se suma que Costa Rica se sitúa dentro de una zona de transición climática, entre los desiertos del suroeste de América del Norte y la selva ecuatorial.
En muchos otros ecosistemas del mundo, la llegada de los seres humanos trajo consigo numerosas especies invasoras que devastaron las cadenas alimentarias nativas. En Costa Rica, sin embargo, por su profunda biodiversidad, sus complejas redes tróficas y su exposición previa a tantas especies de América del Norte y del Sur, esto no ha supuesto un problema tan grave como en otras regiones. Desde el punto de vista ecológico, es mucho menos frágil que los ecosistemas insulares, como los de Nueva Zelanda o Hawái, que han estado aislados de nueva competencia durante muchísimo tiempo. La intensa competencia de la selva dificultó que las nuevas especies lograran afianzarse.
Aun así, como en otros rincones de la tierra, la llegada de los seres humanos ha inclinado de todos modos el equilibrio ecológico. La pérdida de hábitat y la caza llevaron a muchas especies al borde de la desaparición. Desde la introducción de la agricultura de tala y quema, la región de Guanacaste, en el pacífico norte, se ha vuelto más árida, con bosques en retroceso menos capaces de absorber el calor del sol y dispersar el vapor de agua.
El deterioro ambiental fue una tendencia que se prolongó hasta los años setenta, cuando nació aquí el movimiento ambientalista. Una nueva ética de sostenibilidad empezó a arraigar en todo el país, que valoraba la protección de los recursos naturales para las generaciones futuras. Hoy, un tercio del país está preservado dentro de parques nacionales. Las leyes contra la caza furtiva se aplican con rigor, y recientemente se aprobó una pena de prisión obligatoria para quienes ataquen especies protegidas. Costa Rica se ha convertido en el primer país del mundo en ser carbono neutral, al absorber más gases de efecto invernadero de los que emite. Lejos de ser un freno al crecimiento, su apuesta por la sostenibilidad ambiental se ha vuelto una bendición para el turismo, que hoy representa el 20 % de la economía del país, y muchos visitantes llegan atraídos por la riqueza del entorno natural. Las comunidades locales se han reorientado hacia el turismo de aventura y el ecoturismo, con excursiones de fauna, canopy, rafting en aguas bravas, pesca con captura y liberación, santuarios de rescate animal y visitas a fincas de permacultura. Este enfoque en el ecoturismo ha hecho de Costa Rica uno de los países más accesibles de América Latina para los viajeros internacionales, y hoy se ha convertido en uno de los principales puntos calientes ecológicos del mundo para la observación de fauna.